MeSH (医学主题词)基本介绍:PubMed中的文献查找利器

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前面我们介绍过 PubMed 中的“自然语言查找方法”，接下来要介绍另外一种“以 MeSH 查找”的方式。平常我们在搜索引擎中查找文献，想到什么就打什么，虽然简单方便，但难以避免以下问题：

  • 用词不一致：同样指禽流感，有人使用“bird flu”，有人使用“avian flu”，需将相同概念的各式同义词、狭义词搜集完善，查找文献才不会遗漏。
  • 需要过滤不相关文献：我们输入的关键字可能命中文章某处，但完全非文章重点，需花大量时间过滤“出现这个字但实际上并不相关”的文章。

这些问题在“以 MeSH 查找”的方法中，应可获得一定程度的改善。

【关于 MeSH？】

  • 全称：“Medical Subject Headings”，一套生物医学领域的主题词表，是一种主题检索语言，每个主题词代表特定的主题范畴 (以下称 MeSH Term)。
  • 建置单位：美国国家医学图书馆(NLM)。
  • MeSH 用来作什么？从两种角度来说：
    • 组织文献：用于标示文献内容主题。专家阅读文献后，根据内容，标注适当的 MeSH Terms
    • 查找文献：用户可通过 MeSH Terms 查找文献

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【MeSH 的组成】

MeSH 包含了以下不同性质的词组 (terms) ：

    • 【Headings 主题词】：又称为“main headings”或“descriptors”。总计超过 26000 个主题词标目，以树状结构(tree structure)呈现阶层组织。最上层分为16大类，各大类之下又再分为下层主题，可显示其类属关系。越上层的词汇意涵越广，越下层的词汇越专指，彼此互为广义词 (broad terms) 及狭义词 (narrow terms) 关系。详细请见“MeSH一览表”。以下图为例：

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“Ovarian Cysts”(卵巢囊肿)这个词依序是隶属于“Diseases Category”(疾病)→“Neoplasms”(肿瘤)→“Cysts”(囊肿)，其下还有“Polycystic ovary syndrome”(多囊卵巢综合征) 等更专指的词汇。

  • 【Subheadings 副主题词】：又称为“qualifiers”。“副主题词”依附于“主题词”，用于描述文献中著重的面向或应用。例如，同样被标注“Lymphoma”(淋巴癌) 这个主题词的文献，有些著重于“therapy”(治疗)，就会加上副主题词“therapy”，标示为“Lymphoma / therapy”；有些著重“pathology”(病理)，就会加上副主题词“pathology”，标示为“Lymphoma / pathology”。详细请见“副主题词一览表”。
  • 【Supplementary Concept Records (SCR)】 ：主要为物质(药物)词表，也包含部分程序(protocols)与罕见疾病名称。有些新的物质尚未成为主标目，会列入“Supplementary Concept Records”作为补充词汇，用以补充 MeSH 词汇的完整性。
  • 【Publication Characteristics】：描述文献类型。详细请见“文献类型一览表”。
  • 【Check tags】：针对文中物种的特殊分类，例如：人类或其他物种、性别、年龄区间等。可供用户于查找结果中针对特定的分类筛选。
  • 【Pharmacological Action Terms】：自1996年起，PubMed 会在文章的 MeSH 字段中标注“Pharmacological Action”，以呈现该物质于文章中的药理作用为何。

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【 MeSH 的标注过程】

每篇新进到 PubMed 数据库的文献，经由领域专家详细阅读后，依据内容主题，选择适当的“MeSH Terms”予以标注，点入文章后，向下拉，可看到如下图词汇显示。

有标注“*”号的“MeSH Terms”，为文中主要探讨的内容；未标注“*”表示为次要主题。

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【如何用 MeSH 查找文献？】

使用 MeSH 查找文献，基本上我们可以通过以下步骤：

  • 将您的查找需求化为具体的陈述句。
  • 从这个陈述句中，抓出主要概念，作为查找关键字。
  • 将这些关键字分别放到 MeSH Database 中，比对出最接近、适当的 MeSH Terms。
  • 将所找到的 MeSH Terms ，依陈述句中的逻辑，以“AND”“OR”“NOT”组合成检索策略。
  • 当检索策略完成，点击“Search PubMed”送入 PubMed 查找。

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MeSH 有独立的查找入口，请先进入PubMed主页中的“MeSH Database”：

输入关键字，系统会自动比对出所有您可能想查找的相关 MeSH terms：

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点击特定的 MeSH Term 后，会进入该 MeSH Term 的专页，请留意以下 5 项信息：

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  • Scope Note：说明这个 MeSH term 是什么意思、指涉的内容为何。
  • Subheadings：即前段介绍的“副标目”，可针对需求勾选限缩。假设勾选了“Therapy”，就表示限缩在该主题在治疗方面的文献。若不了解某些副标目代表什么意思，可参考“副主题词一览表”。若不勾选，就代表不以副主题词限缩。
  • 限缩查找：是另一种限缩查找，详细请参考“这篇文章”。
  • See Also：其他相关 MeSH Terms ，可进一步点击参考是否符合所需。
  • 树状结构词表：可看出该 MeSH Term 的上下层词汇。

确认该词汇就是您要查的 MeSH Term 后，点击右方“Add to Search Builder”，即可添加查找指令至空白方框中：

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若希望结合其他 MeSH Term 一起查找，在不关闭窗口的状况下，继续于上方查找框输入下一个词汇，找到后，先选择结合逻辑 (AND、OR、NOT)，再点击“Add to Search Builder”，添加查找指令：

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确认想查找的 MeSH Terms 都已经添加完成后，点击“Search PubMed”，即可将指令送入 PubMed 数据库查找：

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以上大致介绍了 MeSH 的基本使用方法，若您仍对 MeSH 的使用感到陌生，请参考“MeSH 实际范例”一文，我们用更多的文献查找范例来说明。

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【用 MeSH 查找 PubMed 的好处】

简单总结如下：

  • 词汇一致：同样讲“癌症”，有的人用“cancer”、有的人用“tumors”、有的人用“oncology”，但在“MeSH”中，“癌症”的主题词就是“neoplasms”，所有和“癌症”有关的文章都会被标注“neoplasms”这个词，您只要以“neoplasms”就可以捞出所有的“癌症”文章，无论文章堂食的词汇是“cancer”、“tumors”、或“oncology”。
  • 层级控制：MeSH 查找的默认逻辑是“选择某个 MeSH Term，系统会自动将其下层的 MeSH Terms 全部丢到 PubMed 查找”。(除非您特地勾选了“Do not include MeSH terms found below this term in the MeSH hierarchy”)。试想若您想查找“某种药物或疾病对哺乳动物的影响”时，在一般的查找系统，您很难去下达“哺乳动物”这个概念的完整检索指令，因为包含的物种太多太广。但有了 MeSH 这种层级控制的逻辑，您只要选择“哺乳动物”的 MeSH Term “Mammals”，其下层的各种哺乳动物都会被包含，十分有助于查找的周全性。
  • 有效排除：如同一开头提到的，在一般的网路搜索中，我们常需花大量时间过滤“出现这个字但实际上并不相关”的文章。然而 MeSH 的标注，是经过专人实际阅读文章，确认内容后才进行相关 MeSH Terms 的标注，可以确保内容实际上和这些主题相关。

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以上介绍了 MeSH 的基本概念，建议您进一步阅读“MeSH 实际范例”一文了解实际的操作。

 

作者：张育铭
本文更新历程：
江芊儒  2020/1/15
陈芷洛  2024/10/30

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