用 MeSH 查找 PubMed ─ MeSH应用实例

在“MeSH基本介绍”一文中,我们已经初步介绍了 MeSH 的内容、架构、及基本用法,本文将辅以更多实例说明。使用 MeSH 查找文献,我们可以通过以下步骤:

  • 将您的查找需求化为具体的陈述句。
  • 从这个陈述句中,抓出主要概念,作为查找关键字。
  • 将这些关键字分别放到 MeSH Database 中,比对出最接近、适当的 MeSH Terms。
  • 将所找到的 MeSH Terms ,依陈述句中的逻辑,以“AND”“OR”“NOT”组合成检索策略。
  • 当检索策略完成,点击“Search PubMed”送入 PubMed 查找。

接下来将用实例示范。


 

【范例 1:果蝇的生殖隔离研究】

在这个范例中,我们可以抓出两个主要概念:果蝇、生殖隔离。两者的关系是交集(AND),也就是下图中斜线的区域:

将这两个概念的英文,分别丢到 MeSH Database 查找,找出最接近、适当的 MeSH Terms。

先查找第一个概念“果蝇”(fruite fly),查到的是“Drosophila”这个 MeSH Term,点进去查看 Scope note,确认是这个 Term 后,点击“Add to search builder”,加入查找中:

接下来,查第二个概念“生殖隔离”(reproductive isolation)。在不关闭窗口的情况下,直接于上方的查找框输入“reproductive isolation”,直接进入到完全相符的 MeSH Term 页面中。因为与前一个“Drosophila”的结合关系是交集,故以“AND”逻辑,点击“Add to search builder”加入查找:

两个概念都加入了,点击“Search PubMed”,将指令送入 PubMed 查找条件相符的文献:

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【范例 2:以放射线治疗狗的淋巴癌】

在这个范例中,我们可以抓出三个主要概念:狗、淋巴癌、放射线治疗。三者的关系是交集(AND),也就是下图中斜线的区域:

将这三个概念的英文,丢到 MeSH Database 查找,找出最接近、适当的 MeSH Terms。

先查第一个概念“狗”(Dog)。输入“Dog”,点进可能的 MeSH Terms 中,从Scope note确认与需求相符后,点击“Add to search builder”,加入查找中:

接下来,查第二个概念“淋巴癌”(Lymphoma)。在不关闭窗口的情况下,直接于上方的查找框输入“Lymphoma”,一样点入最接近的 MeSH Terms 中:

确认此 MeSH Term 与需求相符。您若更进一步查看下方副标目,会发现“radiotherapy”这个 Term ,刚好就是第三个我们的需求“放射线治疗”。若您直接在此勾选“radiotherapy”,就会限缩在“Lymphoma / radiotherapy”,刚好符合“以放射线治疗淋巴癌”的需求。因此,可以勾选“radiotherapy”,以“AND”逻辑,点击“Add to search builder”,将“Lymphoma–radiotherapy”与刚刚的“Dogs”结合:

做到这里,因为主要概念都已转化为 MeSH Terms ,我们就不用再继续查第三个概念了,直接点击“Search PubMed”,将指令送入 PubMed 查找条件相符的文献:

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您可以查看找到的文献清单,应该都蛮接近所需,不会偏离主题太远:


 

【范例 3:狗、猫于手术麻醉中引发胃食道逆流】

在这个范例中,我们可以抓出四个主要概念:猫、狗、麻醉、胃食道逆流。就结合的逻辑而言,比前一个例子稍微复杂一些,因为只要是探讨“狗”的或者是“猫”的胃食道逆流,都属于相关文献,因此整个检索策略为:(狗 OR 猫) AND 麻醉 AND 胃食道逆流。

我们一样将这些概念丢到 MeSH Database 。第一个概念“狗”(Dog) 和“范例 2 ”相同,不赘述:

第二个概念“猫”(Cat)。在不关闭窗口的情况下,直接于上方的查找框输入“Cat”,点入最接近的 MeSH Term “Cats”后,记得先将结合逻辑切换为“OR”,再点击“Add to search builder”:

第三个概念“麻醉”(Anesthesia),直接于上方的查找框输入“Anesthesia”,点入相符的“Anesthesia”后,确认结合逻辑为默认的“AND”,再点击“Add to search builder”:

这里先强调一个概念!系统会按加入的先后顺序,决定比对的顺序。您可发现加入了“Anesthesia”后,前面的“Dogs”OR“Cats”外层多了括号,和数学概念一样,括号内先运算,因此比对模式为:有“Dogs”或“Cats”这一群文章先捞出来后,再从中限缩到有“Anesthesia”的文章:

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最后加入第四个概念“胃食道逆流”(Gastroesophageal reflux),直接于上方的查找框输入“Gastroesophageal reflux”,点入相符的“Gastroesophageal reflux”后,确认结合逻辑为默认的“AND”,再点击“Add to search builder”:

四个概念都加入后,点击“Search PubMed”,将指令送入 PubMed 查找条件相符的文献:

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【范例 4:狗、猫于手术麻醉中引发胃食道逆流或药物过敏】

这是“范例3”的进阶版,目的是介绍更复杂逻辑的指令下法。

这里多加入了“药物过敏”这个概念,整个检索策略为:(狗 OR 猫) AND 麻醉 AND (胃食道逆流 OR 药物过敏)。

基本上“范例3”的全部过程都可以保留,只是在最后多加入一个“药物过敏”(Drug Hypersensitivity)的MeSH Term,以“OR”结合:

但还没结束。现在“Search Builder”方框中的指令内容如下(您可以拷贝粘贴到记事本更清楚):

((((“Dogs”[Mesh]) OR “Cats”[Mesh]) AND “Anesthesia”[Mesh]) AND “Gastroesophageal Reflux”[Mesh]) OR “Drug Hypersensitivity”[Mesh]

以上这一段指令,翻成白话文是:

查找“狗或猫+麻醉+胃食道逆流”的文章,或是查找“药物过敏”的文章。

也就是说,您会找到许多主题为“药物过敏”,但和狗、猫、麻醉完全无关的文章

因此,我们必须手动调整一下括号的位置,将“胃食道逆流”和“药物过敏”包起来,让这两者的联集先捞出来,再和前面的狗、猫、麻醉这一群文章取交集,如下:

(((“Dogs”[Mesh]) OR “Cats”[Mesh]) AND “Anesthesia”[Mesh]) AND (“Gastroesophageal Reflux”[Mesh] OR “Drug Hypersensitivity”[Mesh])

以上这段指令,翻成白话文是:

查找“狗或猫”+麻醉+“胃食道逆流或药物过敏”的文章。

若您觉得手动改括号容易出错,您也可以利用“Search History”功能完成。

首先,一样到 MeSH Database 查找,但每查到一个MeSH Term→“Add to search builder”后,就点击“Search PubMed”,直接丢到 PubMed 查找:

查完后再度回到 MeSH Database ,用同样的方式查找下一个Term→“Add to search builder”→“Search PubMed”,直到所有的Terms都查完。接下来,在 PubMed 的文献查找结果页面中,点击“Advanced”:

下方有历次检索的策略与编号,请用手动输入检索编号,辅以大写的AND、OR、NOT,及括号,也可获得相同的检索结果:


 

【范例 5:在亚洲地区,人类感染禽流感的治疗研究】

在这个范例中,我们可以抓出四个主要概念:亚洲、人类、禽流感、治疗。四个概念间的结合逻辑都是AND。

一样利用 MeSH Database 。在 MeSH 中也有地理概念的 Terms,针对第一个概念“亚洲”(Asia) ,在这里就非常有帮助!你可以想像一下,若您在一般搜索引擎中想要捞出所有“亚洲”的研究,其实非常困难,您若只用“Asia”为关键字搜索,势必会遗漏许多只使用国家名称 (如:Taiwan、Japan、China等)的文章;但您又很难把所有亚洲国家逐一查找完毕。在这里,因为针对亚洲地区的研究都已经被标住了固定的 MeSH Term “Asia”,因此非常容易批次捞出。

首先,直接在 MeSH Database 中输入“Asia”→找到“Asia”这个词→“Add to search builder”:

输入第二个概念“人类”(Human) → 找到“Humans”这个词 → “Add to search builder”:

输入第三个概念“禽流感”(Bird flu) → 找到 MeSH 中的Term“Influenza in birds”→进一步查看副标目,发现与第四个概念“治疗”相关的“drug therapy”、“therapy”,将之勾选→ “Add to search builder”:

所有概念都已包含了,点击“Search PubMed”,查找相符的文献:


 

【范例 6:莱克羟酪胺于哺乳类动物身上的不良影响?】

美牛瘦肉精事件吵得沸沸扬扬,大家都很关心食用莱克羟酪胺究竟会否危害健康,但您也许已从新闻得知,目前还没有实际的人体临床研究可参考,因此这个范例我们不能只局限在“人”,必须拉高到“哺乳类动物”,才比较找得到可参考的文献。

这个范例只有两个概念:莱克羟酪胺、哺乳类动物,两者的关系是交集“AND”。

MeSH Database 中输入“ractopamine”→找到“Ractopamine”这个词。这个词是属于我们在“MeSH 基本介绍”一文中的“Supplementary Concept”,是补充词汇,非正式的 MeSH Term,因此提供的信息较少。另外,您可以看到“Ractopamine”的页面中有两个超链接的词:

若您确定选用“Ractopamine”这个“Supplementary Concept”,点击“Add to search builder”加入查找:

继续查找第二个关键字“mammal”→找到“Mammals”这个词,以“AND”逻辑“Add to search builder”→“Search PubMed”即可:


 

【范例 7:MeSH 中比对不到的词汇?】

MeSH 虽已收录2万多种生医专有词汇,但毕竟无法涵盖所有词汇。当您在 MeSH Database 中查不到所需时,可以尝试:

  • 修正查找策略:尝试其他相关用词、或改以较广泛的上层概念查找。
  • 倒推法 ─ 以文找词:先直接以您目前的词汇到 PubMed 数据库 查找文献,进而从找到的文献中,查看是用哪些 MeSH Terms 来表达这个概念。

举例来说,假设您想查找“Cranial radiation therapy”(颅放射治疗) 这个概念,在 MeSH Database 中查不到对应的 MeSH Term。此时,若您也暂时想不到应如何修正,不妨使用“倒推法”,直接将关键字“Cranial radiation therapy”丢到 PubMed 数据库 查找文献。您甚至可以在前后加上 quotation marks,以精确查找的方式先找出和您的需求最切合的文章:

进入找到的文献,看看是以哪些 MeSH Terms 来标注您想查的概念。以这个例子来说,可以发现是以“Cranial Irradiation”(脑照射) 这个 MeSH Term 来表达“Cranial radiation therapy”概念。

若您想进一步确认此 MeSH Term 的意涵,直接点击该词 → 选择“MeSH”:

就可以串连到该 MeSH Term 的页面,您可以阅读文字描述、及查看下方的关系阶层,以判断是否符合您想查找的概念:

接下来您可以自行评估,是否改用“Cranial Irradiation”这个 MeSH Term 来查找。若您认为两个词汇内涵相近,就可以用改用“Cranial Irradiation”;若您认为两者有差异,该词汇并非您想查找的概念,则您就直接以原本的“Cranial radiation therapy”,用一般关键词的方式查找,不要使用本文介绍的 MeSH 方式查找。


 

【范例 8:犬心丝虫的临床治疗研究】

这个范例中有三个主要概念:狗、心丝虫、临床治疗。

经过了前面这么多个范例,相信前两个概念应该不困难,把您想到的关键字丢到 MeSH Database

  • 狗 (Dog)→查到“Dogs”→“Add to search builder”
  • 心丝虫 (heart worm)→查到“Dirofilariasis”→以“AND”逻辑“Add to search builder”

这个范例主要想介绍的是第三个“临床治疗”这个概念。PubMed 有针对部分的主题,设计了现成的筛选指令,都存放在“Topic-Specific Queries”页面中,尤其“临床医学”方面的主题,已有多种现成的指令可套用,应多加利用。建议您延伸阅读以下两篇文章:

  • 认识“Topic-Specific Queries”。
  • 将“Topic-Specific Queries”中的“Clinical queries – Therapy/Broad”指令加入查找结果的筛选 Filter 中。

完成后,我们将前面的“(“Dirofilariasis”[Mesh]) AND “Dogs”[Mesh]”直接“Search PubMed”,再用“Clinical queries – Therapy/Broad”的 Filter 筛选出临床治疗方面的文献,就可以找到所需。


 

【范例 9:狂牛症的系统性评论研究】

这个范例主要想介绍如何在 PubMed 中筛选出系统性评论 (Systematic Review) 文献。系统性评论文献的产出基本上由研究人员经过了“提出一个特定的临床问题 → 运行完整文献搜索(通常是RCT文献) → 排除不适用的研究 → 评析设计良好且适用的研究 → 归结临床应用上的可行建议”,一篇文章中就已经回顾了多篇研究,并加以总结与评论,适合需要阅读高度证据力文献以快速获得解答的临床医学界。

其实系统性评论文献并不需要我们自己下指令查找,在 PubMed 的查找结果中,左侧有 Filter 功能可作文献筛选,其中在“Article types”下就有一个 Filter 叫作“Systematic Review”,可直接套用。

所以这个范例,我们只需要查找“狂牛症”这个概念即可。于 MeSH Database 输入“mad cow disease”→ 查到“Encephalopathy, Bovine Spongiform”这个 term,确认与需求相符后,直接“Add to search builder”→“Search PubMed”:

在查找结果页面,点击左方“Article types”下的“Systematic Review”(若没有看到,可点击在“Article types”下方的“more”寻找),就会自动筛选出系统性评论文献了:

想知道更多 Filters 的用法,请参考“PubMed 筛选过滤功能 ─ Filter”一文。


 

【MeSH 查找之后,下一步…】

通过本文介绍的“MeSH查找”、或另一篇文章介绍的“自然语言查找”,捞出了许多文章后,接下来您可能需要:

  • 找到的文章太多,要进一步筛选过滤?→请参考“PubMed 筛选过滤功能 ─ Filter”。
  • 找到需要的文章,想将书目数据加入EndNote?→请参考“将 PubMed 数据导入 EndNote”。
  • 找到需要的文章,该如何取得全文?→请参考“PubMed 的全文取得”。

 

【参考数据】 台大医图制作之教程幻灯片。

 

 

By 张育铭

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