在 PubMed 中的文献查找,主要可分为以下两种典型:
- 以自然语言查找:“自然语言”就是“想到什么就打什么”,意即将您想到的主题关键字,直接丢到 PubMed 中查找。
- 以 MeSH 查找:相对于“自然语言”,MeSH 是一种“控制语言”,是由NLM编制的一套生物医学主题词,可用于查找文献。
本文以“自然语言”查找来介绍 PubMed 的一般查找界面与功能;“MeSH查找”则请参考“MeSH系列文”。
【一般查找】
PubMed 主页即“一般查找”界面,Google式的检索框,可输入查找关键词:
几个小技巧,可帮助您的检索策略更精确、周全:
- 布尔逻辑:在多组关键词间加入大写 AND、OR、NOT,以交集、联集、补集的方式组合关键词。
- 括号:承上,当关键词组间的结合有先后顺序,可用括号包覆。如同数学逻辑,括号内先运算。
- 星号:切截符号,代表0到多个字符,例如“chemotherap*”可查到“chemotherapy”、“chemotherapautic”、“chemotherapeutical”等不同词性拼法。
- 引号:当你的关键词包含多个字,且是专有名词,不想被拆开查找时,可用 quotation mark 将前后包覆。例如““Social Marketing“”不会查到“Social Media Marketing”
- 范例:想查找“猫或狗的淋巴癌化疗”研究。
- 查找逻辑为:( 猫 OR 狗 ) AND ( 淋巴癌 ) AND ( 化疗 )
- 各概念的可能关键词:
- 猫:Cat、Felidae
- 狗:Dog、Canidae
- 淋巴癌:Lymphoma、Lymphosarcoma、Lymph Tumor、Lymph Cancer
- 化疗:Chemotherapy、Chemotherapeutic protocols、Chemotherapeutic management
- 您可以输入如下:
- ( ( Cat OR Felidae ) OR ( Dog OR Canidae ) ) AND ( Lymphoma OR Lymphosarcoma OR “Lymph Tumor” OR “Lymph Cancer” ) AND ( Chemotherap* )
- 限缩查找字段:有时找到的文献过多,我们想限制关键字只在某些重要字段中查找,例如限定关键字必须出现在文章标题中。在 PubMed 中,是以“ 关键字 [字段代码] ”的指令表达,例如:“ Lymphoma [TI] ”表示查找标题中有“Lymphoma”的文章;“ Dog [TI] AND Lymphoma [TI] ”表示查找标题中有“Dog”且有“Lymphoma”的文章。
- 如何知道各字段的代码呢?→请参考“字段代号一览表”。
- 自行输入字段代码很麻烦?→可利用接下来要介绍的“Advanced 进阶查找”。
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【Advanced 进阶查找】
PubMed 主页,即“一般查找”框下方有“Advanced”:
点击可进入“进阶查找”界面:
“进阶查找”界面功能包括 (1)“限定字段”:以下拉列表限定字段、于右方查找框输入关键字。以及 (2)“选择AND、OR、 NOT”:使用布尔逻辑组合检索策略之功能。
图1:选择限定字段“Title”以关键词组1选择ADD,将自动进入下方“Query box”。
图2:选择限定字段“Title”以关键词组2选择Add with AND,一样会自动进入下方“Query box”。
图3:在“Query box”,选择Serch可进行查找。
“进阶查找”界面的功能还有“检索历史(History and Search Details)”。在下方您可以看到进入 PubMed 后的检索历程,每个历程都显示代号、查找指令、以及查到的笔数。您可以直接在要再次查找的历史代号选择 Action“Add query”再搭配Add with “AND、OR、NOT” 逻辑,即可结合多次的检索策略重新查找。
这是非常重要的功能!像前述“猫或狗的淋巴癌化疗”的例子,也许您觉得要一次键入“( ( Cat OR Felidae ) OR ( Dog OR Canidae ) ) AND ( Lymphoma OR Lymphosarcoma OR “Lymph Tumor” OR “Lymph Cancer” ) AND ( Chemotherap* )”这么长的检索指令有些困难,您就可以利用这个功能。
首先,分次查找各个概念后,进入检索历史后,选择#4“Add query”再选#3“Add with AND”,就是简化一次键入复杂检索策略的一种方式啰!
未来当您利用 MeSH 查找,检索策略可能会更为复杂,您可以多多利用“Advanced”中的“检索历史”功能,将复杂的策略切割成数个简短的指令,再加以结合。
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【比对机理:Automatic Term Mapping】
PubMed 对于自然语言查找,有一个特殊的比对机理,叫作“Automatic Term Mapping”。我们前面稍微提过“MeSH”是一套生医领域的主题词表,更详细的介绍请参考“MeSH 基本介绍”。当您输入自己想到的关键词时,只要你输入的关键词没有以下种情形:
- 前后加上引号(quotation marks)。
- 加上星号 * 切截
- 限定查找字段。
系统就会通过“Automatic Term Mapping”机理,自动比对“MeSH”中相关的主题词,一起丢到 PubMed 扩大查找。例如输入“Cancer”,通过“Automatic Term Mapping”可以比对出 MeSH 中的主题词“neoplasms”,会一起送入查找。在“检索历史(History and Search Details)”里有一个“Translations”,里面是实际的检索策略:“”neoplasms”[MeSH Terms] OR “neoplasms”[All Fields] OR “cancer”[All Fields]”
在医图馆员制作的教程幻灯片中,有个很好的范例适合在此说明:想查找“阿斯匹灵预防心脏病发作”的文献,以下何者为最佳检索策略?
- ““aspirin for heart attack prevention””
- “aspirin heart attack prevention”
- “aspirin AND heart AND attack AND prevention”
正确答案是“2”。为什么呢?
- 策略“1”用引号包覆全部关键词,表示要找到文中出现完全一致的“aspirin for heart attack prevention”字符串,中间不能穿插别的字、词组顺序不能调换。这样基本上很难找到完全 match 的文章。即使要加入引号,也应该是用来包覆专有名词的词组,例如“”heart attack “”,而不是把所有词组用引号包在一起。
- 策略“2”和“3”很接近,差别在于,策略“3”把每个“字”拆开来,但“heart attack”实际上是一个“词组”而非“两个字”。在“Automatic Term Mapping”的过程中,策略“2”可以比对出“heart attack”在 MeSH 中对应的主题词“Myocardial Infarction”,检索结果更周全;策略“3”只会把“heart”和“attack”分别拿去比对 MeSH,也就比对不出“heart attack”的对应主题词“Myocardial Infarction”了。
- 从这个范例中可以学到,若您输入的多个关键词,结合逻辑都是“交集”的话,事实上可以直接把关键字全部打进去,中间空格即可,不需要再加入“AND”,以免反而把词组截断,影响“Automatic Term Mapping”的效益。
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【关键字查找之后,下一步…】
通过本文介绍的“自然语言查找”、或另一篇文章介绍的“MeSH查找”,捞出了许多文章后,接下来您可能需要:
- 找到的文章太多,要进一步筛选过滤?→请参考“PubMed 筛选过滤功能 ─ Filter”。
- 找到需要的文章,想将书目数据加入EndNote?→请参考“将 PubMed 数据导入 EndNote”。
- 找到需要的文章,该如何取得全文?→请参考“PubMed 的全文取得”。
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by 张育铭
Updated by Ying-Fang Huang (2020/6/1)