中国第一历史档案馆保管的明清历史档案约1000余万件（册），其中明代档案3000多件，其余绝大多数为清代档案。馆藏档案中，汉文档案约占80％，满文档案约占20％，蒙文档案5万多件（册），还有少量其他民族文字的档案以及英、法、德、俄、日等外国文字的档案。
（一）明代档案
由于明朝在灭亡时焚烧宫殿衙署，使大量明朝档案化为灰烬。以后清政府多次下令销毁明朝档案，各地架阁库和南明朝廷所存档案，都为之毁灭。清代历次 大兴文字狱，也销毁了大量明代书籍和档案。综上原因，使留存在世的明代档案可谓屈指可数，寥寥无几。
目前保存在中国第一历史档案馆的3000余件（册）明代档案，是清康熙以后修《明史》时为补文献之不足而下诏征集上来的，时间自明洪武四年至崇祯十七年，包括洪武、永乐、宣德、成化、正德、嘉靖、隆庆、万历、泰昌、天启、崇祯等11朝档案。现存最早的明代档案是洪武四年的户口单和卖田契。文种主要有：敕谕、诰命、题本、奏本、题行稿、揭帖、呈文、禀文、启本、手本、咨文、札付、舆图、契约、税票、户口单等。
馆藏珍贵明代档案主要有：我馆现存最早的明代档案--《户口单》、《卖田契》（1371年），我馆现存最早的皇帝敕谕--《永乐敕谕》，我国目前 保存尺寸最大、年代最久远、保存最完整、并由中国人自己绘制的古代世界地图--《大明混一图》等。
（二）清代档案
经过清末外国列强入侵劫掠焚毁，以及北洋军阀和国民党时期的政权更迭、战乱破坏等，清代档案损失也是相当严重的。据不完全统计，保存在国内外公立机构和私人手中的的清代档案，总数不到两千万件（册）。
1、档案内容。中国第一历史档案馆保存的一千余万件清代档案，是清入关前天命前九年（1607）至宣统三年（1911）300多年时间里形成的文书档案。其中最晚的档案是宣统三年十二月二十五日（1911年2月12日）宣统皇帝的退位诏书。另外，还包括溥仪退位后于1921－1931年间形成的档 案，如宣统十三年（1921）宣统小朝廷所修德宗《圣训》等。档案内容涵盖了清代政治、经济、军事、文化、艺术、民族、宗教、外交、科技、天文、地理、气 象、重大事件、重要典章制度、重要历史人物等诸多方面，是研究和纂修清代历史的第一手宝贵资料。
2、档案全宗。我馆保存的清代档案按档案形成的机构，划分为73个全宗。其中，内阁、内务府全宗档案数量各在100万件（册）以上，军机处、宫中、宗人府、刑部-法部档案也各在50万件（册）以上。以上六大全宗占全部馆藏清代档案的80％以上。其他全宗从十几万件（册）到几十件（册）不等。最小档案全宗是尚虞备用处档案，只有1件。
3、档案文种。清代是封建集权专制制度的国家，皇权至上，国家庶政事无巨细，均由皇帝直接处理。所以，围绕皇帝的活动所形成的档案，就构成了国家 档案的核心，文种多达100多个，大致可分为五个部分：一是皇帝的命令类文书（下行文）：制、诏、诰、敕、谕、旨、朱谕、廷寄、金榜等；二是臣工的奏报 （上行文）：题、奏、表、笺、呈、启本、手本、册文、塘报、揭帖、黄册、乡会试录、电报、记事等；三是各衙门及国与国之间的往来文书（平行文）：咨、禀、 移会、移付、知照、照会、国书、条约、合同、函、札、片、行、领、结、单等；四是史官记载及官修史籍：起居注、实录、圣训、会典、本纪、方略、纪略、史书 等；五是皇室和皇族事务的档案：玉牒、星源集庆、黄册、皇册、清册、档簿等。
馆藏珍贵清代档案主要有：《实录》、《圣训》、《会典》、《上谕档》、《起居注》、道光皇帝秘密立储匣、《金沙江全图》、《宝谱》、《金榜》、《洪秀全诏书》、《满文老档》等。
联合国教科文组织发起的"世界记忆工程"，目的是保护世界文化遗产，特别是濒临消失的文献遗产。我馆馆藏《满文秘本档》、《清代金榜》分别于1999年和2005年，成功入选世界记忆工程，并被列为《世界记忆遗产名录》。
全宗目录： 01明代档案12-25 02内阁12-25 03军机处12-25 04宫中12-25 05内务府12-25 06宗人府12-25 07责任内阁12-25 08弼德院12-25 09宪政编查馆12-25 10修订法律馆